最强阵容的构建不仅依赖于高稀有度角色，更需要合理的技能搭配与战术协同。卡卡西阵容作为经典组合之一，以旗木卡卡西为核心，搭配野原琳、宇智波带土、阿卡兹基和鬼鲛，通过幻术、忍具和水遁的多重配合，形成攻守兼备的体系。这种阵容的优势在于技能互补性极强，琳的幻术可增强带土的写轮眼效果，而鬼鲛的水遁与阿卡兹基的忍具则能有效限制敌方行动。其局限性在于对先手控制和资源分配要求较高，若被敌方针对核心角色，整体输出会大幅下降。
另一类强势阵容以猿飞日斩为核心，其技能金刚庇护能大幅提升小队免伤和忍术吸血效果，搭配宇智波止水、千手柱间等木叶系忍者时，可快速养成体术和忍术属性。猿飞日斩的被动火之意志进一步强化了木叶忍者的普攻与追打收益，使其在持久战中占据优势。但这种阵容对先攻值和查克拉管理要求苛刻，若无法在前期建立优势，容易被高爆发阵容压制。猿飞日斩的辅助能力虽强，但单体输出能力较弱，需依赖队友补足伤害。
漩涡鸣人九喇嘛连结的加入为游戏带来了新的战术可能。其奥义迷你螺旋手里剑可根据分身数量触发多重效果，配合被动心念合一的闪避与成长机制，能在后期形成碾压式输出。鸣人尤其适合与千手柱间、干柿鬼鲛等忍联合军标签角色组队，通过查克拉联动快速叠加增益。鸣人阵容的弱点在于依赖回合数积累，若敌方携带强控或速攻型忍者，可能无法撑到爆发期。
平民玩家同样有机会通过合理搭配挑战高端阵容。以佐助、小樱、鸣人、雏田和鹿丸组成的均衡型阵容，兼顾控制、治疗和爆发，虽单点强度不及SS级忍者，但胜在获取成本低且容错率高。风主与雷主阵容则更侧重速攻，通过刷新奥义或额外普攻抢占先机。平民阵容需优先升级关键技能，并利用饰品套装（如玄龟、海兽）弥补属性差距。
当前版本中，最强阵容的颠覆性潜力主要体现在技能机制的深度联动上。猿飞日斩与鸣人的组合能同时覆盖减伤、吸血和爆发，而卡卡西阵容则擅长应对幻术型敌人。但任何阵容都无法做到绝对无敌，环境变化、新角色加入或平衡性调整都可能影响其强度。玩家需根据实时对战数据灵活调整策略，而非盲目追求固定搭配。
火影忍者：忍者新时代的阵容格局始终处于动态平衡中，最强阵容的颠覆更多是战术层面的优化而非绝对碾压。无论是高配还是平民阵容，核心思路仍是扬长避短，通过技能协同与战场应变最大化团队效益。
