元气骑士隐藏关卡的boss设计各有特点，掌握它们的弱点能显著提升通关效率。溶洞关卡的冰虫弱点在于头部，使用火属性武器可造成额外伤害，但需注意其钻地后释放的冰刺弹幕具有随机反弹特性，拉开距离走位比翻滚更安全。沼泽关卡的黑暗之主对雷属性攻击抗性较低，战斗中需优先清理其召唤的小怪，防止它们为主角恢复血量。
墓穴关卡的守墓甲虫王具有护甲自动恢复机制，需要高爆发武器在前期快速破甲。该boss的头部是主要弱点，跳跃攻击效果最佳，但需注意其重踏地面释放的环形弹幕和尾部抽击，保持中距离作战更稳妥。当甲虫王进入狂暴状态时，应当暂停输出专注躲避，等待状态结束再继续攻击。部分玩家发现使用圣骑士技能可以规避地形伤害，但这不是必要条件。
岩祖作为特殊隐藏boss，在动画结束前击败会触发不同结局，这个机制需要玩家携带高伤害速射武器。其石械形态对爆炸类武器抗性较弱，但要注意躲避从岩壁弹出的突刺和全屏震荡波。战斗中场地边缘的落石区域既是威胁也可被利用来阻挡boss的直线冲锋。
所有隐藏关卡boss在无伤击败时会给予增益buff，反之死亡复活后会出现负面效果。溶洞的冰刺、沼泽的减速泥潭和墓穴的陷阱机关都需要提前规划走位路线。部分boss的弹幕判定范围比视觉表现更大，建议保持比预期更远的躲避距离。武器选择方面，兼顾单体爆发和清怪效率的组合更适合隐藏关卡的连续战斗。
隐藏关卡的解谜机制也影响boss战难度。墓穴的棋盘谜题若超时可用超级大宝贝暴力破解，但会失去部分奖励；沼泽需要先在奉献池投入足够武器才能激活传送门；溶洞则依赖矿工NPC或特定技能开路。这些前置条件不满足时，即使知道boss弱点也无法进入战斗，因此需要全面准备。
