掌握基础操作是战斗的核心。游戏采用手柄摇杆和按键实现角色移动、跳跃、格挡及攻击，不同角色拥有独特的技能树和连招方式。漩涡鸣人擅长近身忍术与体术，宇智波佐助则偏向远程忍术攻击。战斗中需熟练使用替身术（L2/LT）规避伤害，摔掷技（R2/RT+○/B）破除防御，以及回击技（R2/RT+□/X）弹反对手攻击。查克拉管理尤为关键，长按△/Y可恢复查克拉，而忍术（△/Y+○/B）和奥义（△/Y+△/Y+○/B）的释放需合理规划查克拉消耗。
团队协作与风暴槽的运用能显著提升战斗效率。支援角色可通过对应按键呼叫，冷却后重复使用。风暴值积累至一半可触发特殊援助技能，满值时发动联手觉醒或联手奥义，特定角色组合（如第七班、三忍）会触发专属演出效果。战斗中切换角色可重置连招节奏，同时利用地形障碍制定战术。面对远程攻击型敌人时，跳跃与忍者移动（空中推动摇杆+×/A）能有效规避伤害，并创造反击机会。
故事模式的全S评价达成需精准完成特定任务条件。例如填补空洞内心之物关卡要求佐助忍术命中、25次连击及联手奥义命中，需通过游走拖时间积攒风暴量，适时释放忍术衔接连击。BOSS战如六道带土需观察其四种攻击模式（普攻连击、求道玉、激光、摔技），避免持续防御。秘藏片段的触发通常与残像指令（橙色提示）相关，如按B键抵御能量球或输入特定方向键组合。保持体力高于50%是多数S评价的硬性要求。
高阶技巧包括查克拉冲刺的进阶应用。双击×/A发动普通冲刺，而蓄积查克拉冲刺（△/Y+长按×/A）能大幅提升突进距离与速度，适用于快速近身或脱离战场。觉醒状态在体力低于阈值时触发（长按△/Y），角色能力全面提升但持续时间有限，虚弱期需谨慎应对。空中翻身（被击飞时长按×/A）可快速起身，减少受创硬直。联机对战中，帧率设置需统一（30帧或60帧），避免匹配异常。
冒险模式的回忆碎片收集要求探索地图隐藏要素，如波之国的激战终结之谷的泪雨等经典对决场景。碎片位置多分布于高处或隐蔽角落，需结合角色二段跳与忍者移动能力获取。自由对战模式中，全人物解锁需通关主线及DLC内容，部分服装与道具需通过任务奖励或商店购买。
游戏优化方面，PC版需注意全屏模式（windowed=0）避免白屏，联机补丁需覆盖至根目录并配合Steam平台使用。手柄键位自定义推荐将Y键（查克拉积累）设为O，X键（忍具投掷）设为K，B键（普攻）设为J，以适配键盘操作习惯。
